Fykocyanin je charakteristická světle modrá barva, absorbující oranžové a červené světlo, zejména blízko 620 nm (v závislosti na konkrétním typu), a vyzařuje fluorescenci při přibližně 650 nm (také v závislosti na typu). Alophycocyanin absorbuje a emituje při delších vlnových délkách než fykocyanin C nebo fykocyanin R.