Konsenzus i Pan PCR se řídí stejným rutinním postupem. Klíčový rozdíl mezi konsensuální PCR a Pan PCR je však založen na cílech primerů, které každý postup využívá. Zatímco konsenzuální PCR vždy cílí na konzervované oblasti, Pan PCR cílí na variabilní oblasti k identifikaci různých kmenů skupiny.