IMHO: smlouva - это когда речь идет о договоре вообще, как сделке, отсюда вытекает самостоятельное употребление этого слова, без сочетания с какими-либо определяющими его словами dohoda - это когда имеется в виду какой-то конкретный тип договора, например, prodej a kupní smlouva, licenční smlouva, č.